据《经济参考报》报道，在山东邹平县某有机农场，老板崔大有告诉记者，他2009年流转了1000亩山坡地从事有机农业。农场成立之初，他便致力于推动高效生态循环农业：养猪等畜牧的粪便经过发酵处理后作为有机肥施用在蔬菜生产上，而园区的200多亩大田种玉米也是休一年种一年，种出的玉米被当作养猪等的饲料。此外，还设置了大型饲料仓库、大型青储池、储存地窖，基本上形成了一个闭环链条。
　　到2011年，崔大有的农场经营迎来了最好的时机。当年的销售额加上政府补贴在600万元以上，农场开始逐步盈利。然而好景不长。由于崔大有一开始的销售渠道是机关事业单位、国企、银行等单位的团购和福利，2012年底政策调整后特供市场繁荣不再，他的农场进入到真正的市场竞争中。“原来的单位客户纷纷取消了团购蔬菜和肉品，农场年销售额从四五百万元一下子降到了几十万元。”崔大有说，现金流开始出现问题。这几年，他已经亏损近2000万元。
　　农业专家表示，我国的有机农业企业鲜有盈利，亏损已经成为行业的普遍现状。其中成本高是有机农业实践过程中的首要困境。山东省农业农村专家刘同理表示，有机农业对环境和管理的要求极高，在生产过程中不能使用化肥和农药，这让一些农业企业随时面临着减产乃至绝收的巨大风险。
　　其次是资金偏紧。由于采用承包土地的方式进行生产，没有能够用于抵押贷款的固定资产，对于农业公司的贷款申请，银行一般也难以批复。
　　有机农产品的销售也是一大难题：在大超市销售，需要设立专门的柜台，且成本高回款慢，还缺乏定价权；在社区布点，也面临人工、房子租金等高成本；走电商渠道，还面临高额的物流、冷链成本，且一些生鲜品种并不适合。
　　更让“崔大有们”困惑的问题是有机农产品鱼龙混杂。“有机蔬菜作假的太多了，一块地注册了一个有机牌子，但卖了100块地的菜，或者直接收了别人的菜当自己的卖。”崔大有说。
　　此外，记者了解到，目前大多数有机食品认证机构都属于商业化运作，“花钱就给证”，严格的考核审查过程有时形同虚设，更有一些不具备认证资质的机构，对根本不符合“有机”标准的食品大开绿灯。
　　农业专家表示，认证机构设置门槛较低、认证行为缺乏监管等原因，导致一些认证机构不专业、不负责。认证审批后，限于人员和精力等原因，证后监督也不到位。